转摘corrplot展示m6a甲基化基因表达相关性

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我相信大家在看m6a甲基化相关的文章的时候应该会经常看到下面这样的相关性图。就是m6a甲基化相关基因两两之间表达的相关性。
[图片地址]：(https://upload-images.jianshu.io/upload_images/24747866-4d387409462c4734.jpg)``````

今天小编就带大家来重现这张图。我们这里还是使用

☞[m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值](https://links.jianshu.com/go?to=https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F__biz%3DMzI4ODE0NTE3OA%3D%3D%26mid%3D2649217745%26idx%3D1%26sn%3D5f1de8235f2de15ea69d641b41d908d2%26chksm%3Df3d190a4c4a619b209a8a58cb9e12d3d0bd63373968a6ee9f577d96f0e7d70d69fecce700d99%26scene%3D21%23wechat_redirect)

这篇文章里面得到的CHOL（胆管癌）中16个m6a甲基化相关基因的表达矩阵来举例。具体如何得到m6a甲基化相关基因的表达矩阵也可以参考☞[m6a甲基化相关基因boxplot并显示p值](https://links.jianshu.com/go?to=https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F__biz%3DMzI4ODE0NTE3OA%3D%3D%26mid%3D2649217745%26idx%3D1%26sn%3D5f1de8235f2de15ea69d641b41d908d2%26chksm%3Df3d190a4c4a619b209a8a58cb9e12d3d0bd63373968a6ee9f577d96f0e7d70d69fecce700d99%26scene%3D21%23wechat_redirect)
[图片地址]：(https://upload-images.jianshu.io/upload_images/24747866-aee380c238df38a2.png)``````

复制代码 
#读取m6a甲基化相关基因表达谱
m6a_expr=read.table("m6a_expr_with_type.txt",header=T,row.names=1,sep="\t")
#去除最后一列样本类型
m6a_expr=m6a_expr[,1:16]

#安装corrplot包
BiocManager::install("corrplot")
#加载corrplot包
library(corrplot)
#计算相关性矩阵
M <- cor(m6a_expr)
#绘制相关性图
corrplot(M,
         method = "circle",  #圆圈显示
         addCoef.col="black"  #相关系数用黑色显示
)

这是用默认参数得到的一张图，跟文章中看到的那张图还是差挺远的。
[图片地址]：(https://upload-images.jianshu.io/upload_images/24747866-259804850adf293c.jpg)``````

1）文章中是斜三角展示的，不是矩形

2）颜色尺度文中是由蓝到红，不是由红到蓝

3）文章中横轴和纵轴的标签颜色是黑色，不是红色

4）文章中相关系数字体有大有小，貌似是跟相关系数成正比的。

进过进一步的修改我们可以得到如下图片，这个就跟文章中的图片很像了。
[图片地址]：(https://upload-images.jianshu.io/upload_images/24747866-44d22399ca0bd486.png)``````

完整代码参考下文

[corrplot展示m6a甲基化基因表达相关性](https://links.jianshu.com/go?to=https://link.zhihu.com/?target=https%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F__biz%3DMzI4ODE0NTE3OA%3D%3D%26mid%3D2649218213%26idx%3D1%26sn%3D5d88c8a5e40742e6af62ab9c25a6c583%26chksm%3Df3d196d0c4a61fc65110d2e82987b537916cd5377b8e72b2ca74388f203b74e3f0f10622a96b%26token%3D19214746%26lang%3Dzh_CN%23rd)

复制代码 
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    【作者： 生信交流平台】
    【原文链接】 https://www.jianshu.com/p/f3eaa907002c
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